在晴朗明媚的一天，羊村正举行防御系统揭幕仪式，这是慢羊羊村长的最新发明，该系统可以抵制上千伏的电压。谁知这时灰太狼突然出现搅局，不久前他发明了羊味罐头，由此成为当今最炙手可热的科学家，可是没能抓到小羊依然是他心中隐隐的伤痛。灰太狼操纵天气控制器与羊羊特工队展开殊死搏斗。受伤的喜羊羊偶然结识了熊猫旺财，而对方的真实身份是灭绝了许久的蛇。受挫的灰太狼专心升级天气控制器，却忽略了老婆和灰灰的感受，而他的失误也导致天气控制器失控。危难时刻，青青草原的各位意外发现久远以前蛇族发明的诺亚神舟。可是为了启动神舟，必须得到蛇族的帮助。为此，羊羊特工队和机械喜羊羊踏上凶险莫测的冒险旅程……
本片为《喜羊羊与灰太狼》系列第五部剧场版动画。